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L'eau est le véhicule de pollution le plus important, le plus efficace et le plus rapide : c'est l'eau qui est la principale responsable de la propagation d'épidémies et de la diffusion sur un large rayon de substances toxiques provenant de décharges industrielles et urbaines. Les végétaux n'absorbent toutefois pas passivement les substances toxiques qui, dans la pire des hypothèses, circulent dans la sève en pourcentages minimes, compatibles avec la vie végétale. Heureusement, le terrain est doté d'un pouvoir filtrant et l'eau des nappes phréatiques et des puits est pratiquement dénuée d'éléments toxiques. Ce n'est que si la concentration de substances solubles dépasse certaines limites que ce pouvoir filtrant s'avère insuffisant.

Les eaux dures c'est-à-dire dotées avec pourcentage élevé de sels de calcium et de magnésuium (carbonates, bicarbonates, sulfates) atténuent l'acidité du sol, tandis que les eaux douces en corrigent l'alcalinité. Dans les sols de bonne qualité qui ont une réaction appropriée, c'est-à-dire tournant autout des valeurs neutres, les eaux dures et les eaux douces ont un effet contre-productif, accumulant les sels alcalins dans le premier cas, les éliminant dans le second, créant ainsi des situations d'alcalinité ou d'acidité marquées.

Les eaux de pluie sont pratiquement comparables à de l'eau distillée, donc dénuées de sels, à moins qu'elles ne soient collectées dans une citerne alimentée par les gouttières d'un toit ou par des bouches de collecte d'eau : dans ce cas, elles contiennent une certaine quantité d'éléments minéraux et des matériaux tels que de l'argile, du sable, etc. Les eaux pratiquement pures appauvrissent les sols preméables car elles circulent très facilement, éliminant les sels solubilisés. En revanche, elles ont un rôle positif dans des terrains plus denses qui fixent les fertilisants sous une forme stable et permettent leur solubilisation. Attention donc aux caractéristiques de l'eau qu'il faut évaluer en tenant compte des spécificités du terrain.

Evitez d'utiliser pour l'arrosage des eaux dites "réductrices", pauvres en oxygène, provenant de sols marécageux, ou d'étangs et qui sont riches en substances organiques. Ce type d'eau risque d'asphyxier le terrain et les racines ; on peut l'utiliser toutefois à condition de l'enrichir d'oxygène en l'agitant dans des réservoirs ou en la faisant courir dans des canaux interrompus par des chutes.

Les eaux saumâtres sont acceptables si elles contiennent au maximum 5% de chlorure de sodium, mais l'effet de la salinité dépend également des caractéristiques du sol, de la pluviosité et de la fréquence des arrosages qui permettent soit de les évacuer soit de les accumuler.